L’analyse de l’ADN environnemental au service du recensement des amphibiens

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08/06/2017 Environnement Partager
L’analyse de l’ADN environnemental au service du recensement des amphibiens

En 2017, Seine Grands Lacs opte pour la technique de l’ADN environnemental afin d'obtenir une vision plus complète de la diversité des espèces présentes dans ses 154 mares autour des lacs-réservoirs de Champagne. Cette méthode permet un recensement exhaustif de la faune sans incidence sur ses conditions de vie.

Connaître pour agir
Les nombreuses mares de l’EPTB situées en forêt à l’abri de chênes parfois centenaires, dans des prairies de hautes herbes ou constituées des mares temporaires qui s’assèchent à l’été, abritent moult amphibiens dont certains en voie de disparition, comme le triton crêté. La protection des amphibiens passe avant tout par la protection des milieux et la connaissance de leur lieu de vie. Un travail de recensement de ses mares déjà engagé avait permis d’inventorier  leur superficie, leur profondeur, la présence de végétation, la qualité des eaux, leur mode de fonctionnement hydrologique… Il restait à connaître leurs hôtes en particulier les amphibiens. Difficiles à recenser du fait de la discrétion de plusieurs espèces, cette faune était habituellement étudiée par un système de capture ne permettant pas toujours un inventaire complet. Pourtant, chaque individu (amphibiens, poissons, libellules…) laisse des cellules, des fragments de tissu ou encore des cellules reproductrices et des excréments dans son environnement.

L’Adn, un allié pour la connaissance
L’analyse de l’ADN environnemental permet donc de collecter des traces de chaque animal en vue de leur comparaison avec une banque de référence en effectuant un séquençage génétique sur un échantillon d’eau de mare. Avec la technique d’ADN environnemental pas de possibilité d’oubli ou de passer à travers les mailles du filet ou de l’engin de captures. Les agents de l’EPTB spécialisés dans le domaine de l’eau ont été formés pour les prélèvements ADN par la société SPYgen en charge des analyses génétiques. Cette méthode de recensement exhaustif avait déjà été utilisée en 2016 dans le cadre du projet de la Bassée en vue d’inventorier la faune piscicole et les mammifères aquatiques. Anguilles, brochets, ablettes, gardons, silures ou encore brèmes avaient alors été découverts.

Mettant à profit son expertise, l’EPTB a proposé une démonstration d’inventaire par ADN environnemental le 7 juin 2017 à Braucourt (Haute-Marne) dans le cadre de la 2e Fête des mares. Cet événement organisé en partenariat avec l'ASPAS, la Fédération des CPN, Noé, la SHF et l'UNCPIE, avec l'appui technique du Pôle-relais Mares, zones humides intérieures et vallées alluviales, offrait plus de 170 animations dans toute la France.

Comparaison des techniques
Afin d’apprécier l’efficacité de la méthode avec la technique de piégeage classique, les 2 techniques sont déployées au bord d’une mare du lac du Der. La technique classique sera effectuée par l’ONCFS et la LPO qui disposent de personnels compétents dans la récolte et la connaissance des amphibiens. La seconde technique de l’ADN environnemental sera déployée par les agents de l’EPTB spécialisés à cette technique.

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